$('#A').append($('#B'))
AにBを追加する
$('#B').appendTo($('#A'))
BをAに追加する
作成されるHTMLは同じ。
しかし、戻り値のJQueryオブジェクトが違う
$('#A').append($('#B'))
は
A
$('#B').appendTo($('#A'))
は
B
続けて操作したいオブジェクトが
Aの時は
append()
Bの時は
appendTo()
と使い分けるのがよさげ